京都大学･滋賀医科大学との高大連携に関する特別協定に基づき、国内有数の規模で実施しています｡これらの特別授業に参加することにより、理系・文系を問わず、高度な学問との出会いの場、最先端の本物の研究に触れる場となり、学問研究への興味関心の向上とともに、高校での通常の学びの価値を再認識し、自分の進路選択にも大きく役立っています。京都大学への志望者、医学部希望者も増加し、進路実績の向上にもつながりました。

京都大学特別授業

京都大学との連携事業では、広範囲な学問分野で多くのプログラムを用意しています。

実施日（主に金曜日）の放課後、本校をバスで出発し、京都大学内の講義室や研究室に行き、特別授業を受講します。

滋賀医科大学基礎医学講座

日本初の医学科との恒常的な高大連携事業として平成２０年度より滋賀医科大学基礎医学講座が始まりました。２年生希望者を対象に、解剖学、生理学、生化学、社会医学などの特別講義を年８回、主に月曜日の放課後を利用して、滋賀医科大学の構内で実施しています。

理数科独自の実習

理数科生徒全員を対象として、１年生の滋賀医科大学医学入門講座、２年生の京都大学研究室実習を行っています。滋賀医科大学では、最先端の設備を利用して医学科での学びを体験し、京都大学では希望した分野の研究室での実験・実習を通して、大学での学問、研究を体験的に学ぶ貴重な機会となっています。